Les Produits Biologiques - Bio-informatique

Découverte d'un alphabet structural génétique

Bioscope — Sat, 08 Mar 2008 12:12:30 +0000

Une équipe de bio-informaticiens de l’UdeM rapportent dans la prestigieuse revue Nature une percée dans l’interprétation de l’information génétique. François Major, chercheur à l’Institut de recherche en immunologie et en cancérologie (IRIC) et professeur au département d’informatique et de recherche opérationnelle de l’Université de Montréal, et Marc Parisien, étudiant au doctorat, rapportent dans l’édition du 6 mars 2008 de la revue Nature la découverte d’un « alphabet structural » propre à l’acide ribonucléique (ARN) et le développement d’outils bio-informatiques capables de prédire la structure tridimensionnelle d’une molécule d’ARN à partir de la séquence de ses constituants. Compte tenu de l’importance des ARN dans la régulation de plusieurs processus cellulaires, cette percée ouvre la voie à une meilleure compréhension du métabolisme de la cellule, en plus d’illustrer l’avantage de combiner biologie et informatique pour déchiffrer l’information génétique. Une nouvelle approche pour prédire la structure des ARN Contrairement à son célèbre cousin, l’acide désoxyribonucléique (ADN), formé sur toute sa longueur de deux brins complémentaires qui s’enroulent en une double hélice monotone, l’ARN n’est constitué que d’un seul brin capable de se replier en une multitude de structures complexes. Cette diversité structurale explique la multiplicité de rôles que joue l’ARN à l’intérieur de la cellule, notamment dans la régulation de l’activité des gènes.La structure d’un ARN est dictée en grande partie par l’appariement de ses constituants, les nucléotides A, G, C et U, sur de courtes régions de la molécule. Jusqu’ici, la structure des ARN était modélisée en recherchant la combinaison d’appariements la plus stable. Cette approche souffre toutefois d’une limitation importante : seuls les appariements classiques A:U et G:C, c’est-à-dire ceux où les nucléotides se font face, sont pris en considération. Les appariements non classiques, ceux où les nucléotides se côtoient ou se superposent, ne sont pas pris en compte par les algorithmes de prédiction conventionnels. Ceux-ci génèrent donc des modèles incomplets qui peuvent entraîner le chercheur sur une fausse piste. C’est en voulant remédier à cette lacune que François Major et son équipe ont été amenés à proposer une approche radicalement différente pour prédire la structure des ARN. Cette approche consiste à assembler la structure in silico à partir de motifs qui tiennent compte de l’ensemble des interactions entre un nucléotide et ses voisins, indépendamment de la séquence de l’ARN. Les bio-informaticiens de l’Université de Montréal ont ainsi pu faire une découverte primordiale : un nombre très restreint de petits motifs de huit nucléotides ou moins suffit pour reconstituer les structures des ARN répertoriées dans les banques de données expérimentales. Suite de l'article : umontreal.ca

Les géants de l’informatique veulent passer au vert

Bioscope — Mon, 27 Aug 2007 08:42:55 +0000

Les technologies de l’information produisent autant de CO2 que les transports aériens.

Une informatique plus verte peut-elle contribuer à sauver la planète ? Voilà le défi - non dénué d’arrières-pensées marketing - qui anime les grands acteurs du secteur. Touchés par la vague de «Greentech» qui se propage dans la Silicon Valley, les poids lourds du matériel informatique et du logiciel ne cessent de clamer leur ralliement à une approche moins polluante et moins gourmande en énergie de leur activité, quitte à ce que les ordinateurs connaissent dans les années à venir un renchérissement (de l’ordre de 30 %), surcoût en partie compensé par des factures d’électricité moindres.

Parmi les initiatives majeures, l’adhésion récente des géants Google (lire ci-contre) et Intel à l’opération Climate Savers Computing Initiative (initiative du secteur contre le réchauffement) a boosté la campagne menée par une trentaine de fabricants - dont Dell, HP, IBM, Lenovo ou encore Microsoft -, sous le parrainage de WWF. Elle vise à économiser 5,5 milliards de dollars de dépenses énergétiques par an et à réduire les émissions de gaz à effet de serre de 54 millions de tonnes au même rythme. Il faut dire que ce secteur en pleine croissance est loin d’être un petit contributeur au réchauffement.

Suite de l'article : liberation.fr

Bio-informatique : la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées augmente ses capacités

Bioscope — Tue, 23 Jan 2007 11:51:38 +0000

La plateforme bio-informatique de la Génopole* se dote d’un cluster plus puissant et d’une baie de stockage de plus grande capacité. Désormais, des génomes entiers pourront être analysés.

Un cluster qui passe de 40 à 90 processeurs, une baie de stockage portée de 1 à 10 Teraoctets (précisions sur le matériel ici) : la plateforme bio-informatique de la Génopole Toulouse Midi-Pyrénées vient d’enclencher la vitesse supérieure en matière de moyens de calculs et de stockage. Une nécessité, alors que l’analyse des séquences de gènes se révèle toujours plus gourmande. « Auparavant, nous pouvions comparer un gène inconnu aux bases de données génomiques existantes. Grâce à nos nouvelles capacités, ce sera un génome entier que nous pourrons comparer. En l’espace de trois ans, nous sommes passés au calcul à grande échelle, souligne Christine Gaspin, responsable de la plateforme bio-informatique, une des sept plateformes de la Génopole. Les chercheurs pourront utiliser des banques de données de plus en plus importantes et faire un maximum de calculs en un temps limité. Cela donne un avantage aux laboratoires toulousains dans la compétition internationale ».

La plateforme a pour principales missions de mettre a disposition matériel et logiciels pour les laboratoires régionaux, d’appuyer les programmes de recherche en biologie et bio-informatique, et de mettre en place des formations à l’analyse des données destinées aux laboratoires publics et à quelques entreprises privées. « Actuellement, nos services sont essentiellement tournés vers les laboratoires publics, car nous n’avons pas tous les logiciels et certaines licences sont trop coûteuses, précise toutefois Christine Gaspin. Nous allons maintenant nous ouvrir vers le privé en mutualisant l’achat de ces licences avec les entreprises ».

Jean-François Haït, Mid e-News jfhait at free.fr

Suite de l'article : midenews.com